Os grupos de pesquisa são grupos constituídos por docentes, pesquisadores, técnicos, estudantes e colaboradores que se organizam em torno de uma ou mais linhas de pesquisa de uma área do conhecimento a fim de desenvolver pesquisa científica. As atividades de pesquisa na instituição, individuais ou integradas, estão inseridas em grupos de pesquisa previamente cadastrados e e precisa manter-se ativo para obter a revalidação anual. Os estudos dos grupos de pesquisa geralmente resultam em eventos, publicação de artigos, de trabalhos, de livros acadêmicos e científicos e outras produções técnicas.
Atualmente o Nepp-DH conta com 12 grupos de pesquisa:
- GEDHJUS – Grupo de Estudos Direitos Humanos e Justiça
- Coordenadora: Professora Maria Celeste Simões Marques (Nepp-DH)
- GPSOC – Grupo de Pesquisa Sociedade e Conhecimento
- Coordenadora Professora Patrícia Sônia Rivero (Nepp-DH)
- GPTEC – Grupo de Pesquisa Trabalho Escravo Contemporâneo
- Coordenador Professor Ricardo Rezende Figueira (Nepp-DH)
- LEPC – Laboratório de Estudos dos Países do Cáucaso
- Coordenador: Professor Alexandre Zhebit (Nepp-DH)
- LDCT – Laboratório da Conjuntura Social do Direito Humano à Cidade e Território
- Coordenador: Professor Pedro Cláudio Cunca B. Bocayuva (Nepp-DH)
- LERER – Laboratório de Pesquisa em Relações Étnico-Raciais
- Coordenadora: Professora Fernanda Barros (Nepp-DH)
- Grupo de Pesquisa História e Legislação da ANCINE: reflexões pertinentes
- Coordenadora: Professora Rachel Aguiar Estevam do Carmo (Nepp-DH)
- LiEIG – Laboratório de Intervenções e Estudos de Gênero
- Coordenadora: Professora Lilia Pougy (ESS e Nepp-DH)
- LaDCoPI – Laboratório de Pesquisa Direitos, Corporeidades e Políticas de Imagem
- Coordenadoras: Professoras Laura Rebecca Murray (Nepp-DH) e Ângela Donini (Unirio)
- Observatório Latino-americano de Justiça em Feminicídio (FND e Nepp-DH)
- Coordenadora: Professora Cristiane Brandão (FND e PPDH)
- Observatório Nacional da Política LGBTQIA+ e das Diversidades
- Coordenador: Professor Marcelo Tavares Natividade (Nepp-DH)
- GE-SER – Laboratório de Pesquisas, Estudos e Extensão em Gêneros, Sexualidades e Raça em Educação e em Direitos Humanos (FE e Nepp-DH)
- Coordenador: Professor Sergio Luiz Baptista (FE e PPDH).